なぜ今日まで気がつかなかったのか不思議なんだが…

「構成」の一番下「仮想アプリケーションとディレクトリ」という項目があります。

Web_サイト_-_Windows_Azure-5

デフォルトだと

/ が site\wwwroot に割り当てられてます。

この”/”がapacheのDocumentRoot相当なので、”site\wwwroot”を書き換えればOK。